Sein Schwerpunkt ist die Mediation. Entdeckt hat Markus Troja das Thema nach seinem Studium der Politikwissenschaft, Wirtschaftspolitik und Kommunikationswissenschaft in Münster. In Projekten der Deutschen Forschungsgemeinschaft arbeitete er zunächst wissenschaftlich zu Umweltkonflikten. Noch in den 1990er Jahren absolvierte er seine Mediationsausbildung an der Universität Oldenburg und am Institute for Environmental Negotiation in Charlottesville, Virginia. Heute vermittelt er in so unterschiedlichen Fällen wie innerbetrieblichen Auseinandersetzungen, Gesellschafterkonflikten, der Nachfolge in Familienunternehmen oder bei umstrittenen Infrastrukturprojekten im Bereich erneuerbarer Energien.

Da bei innerbetrieblichen Konflikten Führung eine große Rolle spielt, hat die Arbeit mit Führungskräften im Laufe der Jahre immer mehr Raum eingenommen. In Schulungen und Coachings entwickelt er mit Führungskräften Ansätze, wie sie sich in ihrer jeweiligen Rolle und Situation positionieren, verhalten und weiter entwickeln können.

Als zertifizierter Mediator (BM, SDM) und als systemischer Coach und Teamentwickler (ISB) engagiert sich Markus Troja zudem in der Ausbildung von MediatorInnen und BeraterInnen.

Er ist Gründungsherausgeber der Fachzeitschrift „Konfliktdynamik – Verhandeln, Vermitteln und Führen in Organisationen“, die seit 2012 vierteljährlich erscheint. Darüber hinaus ist er Mitglied der Executive Faculty des Bucerius Center on the Legal Profession an der Bucerius Law School.